Film; Sonic, Knuckles ve Tails'ın daha önce karşılaştıkları hiçbir şeye benzemeyen gizemli Shadow'a karşı verdikleri mücadeleyi konu ediniyor.

Sonic, Knuckles ve Tails, daha önce karşılaştıkları hiçbir şeye benzemeyen güçlere sahip gizemli güçlü yeni bir düşman olan Shadow'a karşı yeniden bir araya geliyor. Yetenekleri her yönden geride kalan Sonic Takımı, Shadow'u durdurmak ve gezegeni korumak umuduyla beklenmedik bir ittifak aramalıdır.