Süper Mario Galaksi Filmi, bu kez Mantar Krallığı’nın sınırlarını aşarak yıldızlar arasında büyük bir maceraya atılan Mario'nun hikayesini konu ediyor. Mario, Luigi ve dostları, farklı galaksilere uzanan bu yolculukta birbirinden ilginç gezegenleri keşfederken yeni müttefiklerle tanışır. Ancak bu keşif, aynı zamanda evrenin dengesini tehdit eden büyük bir tehlikeyi de beraberinde getirir. Bowser ve Bowser Jr., galaksiler üzerinde kontrol kurmak için harekete geçmiştir. Bu plan, Mario ve ekibini şimdiye kadarki en zorlu mücadelelerinden birine sürükler. Karşılarına çıkan engeller, kurdukları ittifaklar ve verdikleri mücadele, onları yalnızca bir maceranın değil, tüm evrenin kaderini belirleyecek bir savaşın içine çeker.