Karantina, bir cinayet soruşturmasının ortasından birbirlerine aşık olan bir çiftin hikayesini konu ediyor. Genç bir kız olan Zeynep, heyecanla yeni okuluna giderken başına geleceklerden bihaberdir. Okulun ilk gününde kendisini salgın hastalıktan kaynaklanan bir karantinanın, bir cinayetin ve bir aşk üçgeninin içerisinde bulur. Salgın hastalığın etkisiyle yaşanan zorluklar, gençlerin içinde bulundukları duygusal karmaşayı daha da derinleştirir. Bu süreç, aşkın ve dostlukların sınanmasına neden olur.